Cùng với đó, C03 đã khởi tố bị can Nguyễn Đăng Thuyết, cựu Giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội và Nguyễn Thị Hòa, cựu Giám sát Kế toán thuế Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Công ty TNHH Thiết bị y tế Danh, Công ty TNHH thiết bị y tế Tràng Thi.

Tuy nhiên, 2 bị can này đã bỏ trốn trước khi bị khởi tố, do đó C03 đã ra quyết định truy nã; đồng thời kêu gọi các bị can đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an hoặc cơ quan Công an nơi gần nhất đầu thú, để được hưởng chính sách khoan hồng của Nhà nước và thực hiện quyền tự bào chữa theo quy định tại điều 60 Bộ luật Tố tụng Hình sự năm 2015.

Cũng theo C03, nếu các bị can trên không ra đầu thú trong giai đoạn điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an sẽ điều tra, kết luận vụ án theo quy định của pháp luật.

Liên quan tới vụ án trên, Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2017 đến năm 2022, với mục đích che giấu doanh thu, lợi nhuận thực tế, giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, Nguyễn Đăng Thuyết và Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết) đã chỉ đạo nhân viên dưới quyền lập, sử dụng 2 hệ thống sổ kế toán để hạch toán trái quy định của pháp luật.

Trong đó có hệ thống sổ kế toán nội bộ và hệ thống sổ kế toán dùng để kê khai thuế quyết toán thuế hàng năm với nhà nước; khai man số liệu kế toán; để ngoài sổ kế toán nhiều khoản doanh thu, chi phí, lợi nhuận; chỉ đạo nhân viên mua hóa đơn đầu vào để nâng khống giá trị hàng hóa mua vào, làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, gây thiệt hại cho Nhà nước trên 400 tỷ đồng.

Ngoài vụ án trên, bị can Nguyễn Đăng Thuyết còn liên quan tới các vi phạm quy định về đấu thầu của Công ty cổ phần Tiến bộ quốc tế (Công ty AIC) xảy ra tại Dự án đầu tư xây dựng Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai.

Thời điểm này, Nguyễn Đăng Thuyết bỏ trốn trước khi bị khởi tố, bị truy nã quốc tế nhưng chưa có kết quả, do đó đã bị Tòa án Nhân dân TP.Hà Nội đưa ra xét xử vắng mặt và tuyên án 30 tháng tù về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.